計算機通常會給用戶造成如下一些危害：
電腦運行緩慢
病毒運行時不僅要占用內存，還會搶占中斷，干擾系統運行，這必然會使系統運行緩慢。有些病毒能控制程序或系統的啟動程序，當系統剛開始啟動或是一個應用程序被載入時，這些病毒將執行他們的動作，因此會花更多時間來載入程序；對一個簡單的工作，磁盤似乎花了比預期長的時間，例如：儲存一頁的文字若需一秒，但病毒可能會花更長時間來尋找未感染文件。
消耗內存以及磁盤空間
如果你并沒有存取磁盤，但磁盤指示燈狂閃不停，這可能預示著電腦已經受到病毒感染了。很多病毒在活動狀態下都是常駐內存的，如果你發現你并沒有運行多少程序時卻發現系統已經被占用了不少內存，這就有可能是病毒在作怪了； 一些文件型病毒傳染速度很快，在短時間內感染大量文件，每個文件都不同程度地加長了，就造成磁盤空間的嚴重浪費。
破壞硬盤以及電腦數據
引導區病毒會破壞硬盤引導區信息，使電腦無法啟動，硬盤分區丟失。如果某一天，你的機器讀取了軟盤后，再也無法啟動，而且用其它的系統啟動盤也無法進入，則很有可能是中了引導區病毒；正常情況下，一些系統文件或是應用程序的大小是固定的，某一天，當你發現這些程序大小與原來不一樣時，十有八九是病毒在作怪。有些病毒會將某些磁區標注為壞軌，而將自己隱藏其中，例如Disk Killer會尋找3或5個連續未用的磁區，并將其標示為壞軌，如果哪天你發現使用正常的磁盤，突然掃描時發現了一些壞道，也有可能是病毒在作怪。
狂發垃圾郵件或其他信息，造成網絡堵塞或癱瘓
蠕蟲病毒發作的一大癥狀是瘋狂向外發送毒郵件，如果哪天你的朋友莫名其妙地抱怨你給他發送了許多病毒郵件，則可以肯定，你中了蠕蟲病毒了。蠕蟲病毒還能向外發送大量數據，嚴重的導致網絡堵塞或癱瘓等現象。而利用即時通訊軟件狂發信息，這則是近來這些蠕蟲病毒的另一種傳播新途徑。
竊取用戶隱私、機密文件、賬號信息等
如今已是木馬大行其道的時代，據統計如今木馬在病毒中比較已占七成左右。而其中大部分都是以竊取用戶信息，以獲取經濟利益為目的，如竊取用戶資料，網銀賬號密碼，網游賬號密碼等。一旦這些信息失竊，將給用戶帶來不少經濟損失。
計算機病毒給用戶造成嚴重的心理壓力
病毒的泛濫使用戶提心吊膽，時刻擔心遭受病毒的感染，而一旦出現諸如計算機死機、軟件運行異常等現象，人們往往就會懷疑這些現象可能是計算機病毒造成的。感染病毒可能帶來極大的時間，精力以及經濟上的損失，這使人們對病毒產生恐懼感，計算機病毒像“幽靈”一樣籠罩在廣大計算機用戶心頭，給人們造成巨大的心理壓力，極大地影響了現代計算機的使用效率，還會影響到一些諸如網絡銀行等的網絡應用的普及，由此帶來的無形損失是難以估量的。隨著網絡應用在日常工作生活中的重要性越來越高，這種危害只會越來越大。
