不過專家也警告說在用戶著手部署虛擬化之前，應該了解這項新的技術可能會涉及不可預期的成本，許可證授權和管理等方面。企業還必須對網絡和服務器資源進行升級來最大化的利用虛擬化基礎架構。

虛擬化和自動化廠商還同時警告稱潛在的虛擬化用戶必須非常認真的考慮虛擬化成本和他們希望收回投資的時間。

Parallels公司的首席執行官Serguei Beloussov表示"目前的經濟形勢為用戶施加了無形的壓力，他們必須考慮節約虛擬化的總體擁有成本和加快投資回報的速度"。

Beloussov還補充說將服務器，供電，制冷，系統管理和其他IT因素完美結合起來對于發揮虛擬基礎架構的有效性方面是至關重要的。"檢驗虛擬化解決方案的可行性，因為它才能直接轉化為成本節約的優勢"。

虛擬化技術還會產生許可證授權的問題，廠商，分析師和用戶都在抱怨各種軟件許可證授權模式導致的復雜性，即使是同一家廠商的許可證也存在類似的問題。

Fujitsu Service公司資深用戶解決方案架構師馬克.威爾遜就表示，每當提及微軟Windows系統在虛擬基礎架構上的許可證授權，就要考慮很多問題。

威爾遜強調說Windows Server 2008標準版和隨后的版本都包含了運行一種虛擬操作系統環境的授權。Windows Server 2003 R2企業版和隨后的版本包括了運行四種虛擬操作系統環境的授權，Windows Vista企業版也是如此。

授權處理

不過Windows Server 2003 R2數據中心版本和隨后的版本以及搭載安騰處理器的Windows Server 2008操作系統包括了運行無限數量的虛擬操作系統環境的授權，假若所有的物理處理器都取得了許可證授權，用戶就有權使用客戶端訪問許可證。

運行在虛擬環境中的應用軟件通常也能像物理環境一樣得到授權，針對虛擬化應用軟件的每個處理器授權與虛擬中央處理器數量有關。不過并非所有的廠商對虛擬應用軟件的許可證授權都采用同樣的方式。

除了費用和許可證授權的問題，虛擬化還存在管理方面的問題。

莫爾斯公司的咨詢師湯姆.布蘭德解釋說"很多企業仍然對虛擬化技術涉及的管理問題一知半解，要知道與虛擬化相關的管理戰略和工具遠比傳統環境復雜的多"。

布蘭德表示有62%的英國企業不知道在他們的網絡上運行的虛擬機數量。布蘭德還補充說企業必須從上到下執行管理戰略，對虛擬機的創建，管理和退役都實施嚴格控制，明晰虛擬環境的管理者。

企業必須制定試驗計劃來確保這些戰略的正確實施，同時還要了解物理機和虛擬機之間的動態關系。

VMWare技術部門的區域總監科林.費希爾也同意說"虛擬化成功的重要障礙來自于管理"。

"在物理環境中運行良好的工具，技術和戰略在虛擬化環境未必適用"費希爾表示。費希爾還認為在著手部署虛擬化戰略之前，企業必須檢查他們該如何管理新的環境，確保他們有適合工作的工具。"有了這些工具，企業才能快速檢測和控制虛擬機的蔓延"。

盡管存在這些障礙，但許多企業已經開始從虛擬IT基礎架構中獲得回報。

虛擬化最引人矚目的特性之一就是綠色環保。

NCC Group的管理咨詢師克里斯.肖表示"選擇虛擬化的企業能節約成本，減少溫室氣體的排放"。

"如果服務器的數量從30臺減少到3臺，相關的電費支出就從1.1萬歐元下降為1000歐元。二氧化碳的排放量也從64.71公噸下降為6.47公噸，相當于每年路上行駛的車輛減少10輛"。