安裝微軟免費殺毒軟件MSE（Microsoft Security Essentials）之后，Windows Defender會被自動關閉，因為MSE已包括了Defender的功能。這兩者并不能共存，當然了，對于普通用戶來說，權衡之后MSE是最佳選擇。
微軟技術支持工程師Marcelle Amelia表示：“如果你使用MSE，那么你就不再需要Windows Defender了。當你下載了MSE后，它會自動關閉（并不卸載）Windows Defender。之所以這樣是因為，你不需要同一臺機器上有兩個軟件做相同的工作。”
如果你卸載了MSE，那么Windows Defender又會恢復正常，為你的計算機提供安全防護。微軟證實，MSE 1.0和最近發布的MSE 2.0 Beta都會關閉自動關閉Windows Defender。如果Windows Defender在系統啟動項中，建議用戶將其從啟動項中去掉：
— 單擊開始，在“開始搜索”框中鍵入msconfig，然后按回車鍵。
— 點擊“啟用”的選項卡后，找到Windows Defender，將其前面的勾去掉。
— 按“確定”后重啟電腦后確認問題。
